Região do Vale do Ribeira: (7 unidades) Parque Estadual Nascentes do Paranapanema, Parque Estadual Intervales, Parque Estadual Caverna do Diabo, Parque Estadual Rio Turvo, Parque Estadual Turístico do Alto Ribeira, Parque Estadual Lagamar de Cananéia, Parque Estadual Carlos Botelho.

Região do Parque Estadual da Serra do Mar (PESM): (10 núcleos) Curucutu, São Sebastião, Caraguatatuba, Santa Virginia, Picinguaba, Cunha, Itutinga-Pilões, Itariru, Bertioga, Padre Doria.