O objetivo do projeto é controlar potenciais fontes de poluição causadas pelo segmento náutico (marinas, garagens náuticas, iate clubes e outras instalações de apoio náutico). Ele possibilita a gestão integrada entre Estado e município, além de envolver de forma participativa todos os atores envolvidos na atividade náutica.

Iniciado em 2005 em Ubatuba, Caraguatatuba, Ilhabela e São Sebastião, além do controle da poluição, procura garantir adequações ambiental das instalações e procedimentos em atividades de apoio náutico, oficinas de educação ambiental e conscientização dos setores de turismo e pesca, com a adoção de medidas ecologicamente adequadas. Existe também um sistema de certificação ambiental das empresas que atenderem aos padrões oferecidos pela SMA.

Os principais problemas detectados nos anos anteriores no litoral norte incluem reforma e fabricação de embarcações sem licença da Companhia Ambiental do Estado de São Paulo – Cetesb, gerando resíduo tóxico; pintura a céu aberto sem uso de Equipamento Individual de Proteção-EPI, lavagem e manutenção de barcos com produtos tóxicos drenando para o mar; ausência de separador de água e óleo em oficinas e áreas de manutenção; embarcações sem estrutura sanitária adequada, que lançam dejetos diretamente na água; armazenamento inadequado de produtos oleosos, como combustível, tintas e resinas, entre outros.

Já foi feita a capacitação dos fiscais das prefeituras de oito cidades da Baixada Santista. As vistorias já estão acontecendo. O treinamento e a estrutura técnica foram oferecidos pela Agência de Ubatuba, com apoio da APA Marina do Litoral  Centro. Em, 2009 o Projeto Marinas capacitou mais de 600 pessoas no litoral norte, com diversos cursos sobre biologia e ecologia marinha, poluição marinha, para pescadores, segmentos náuticos, ongs e sociedade organizada.